Régebben úgy gondolták, hogy elsősorban a neveléssel függ össze a dolog. Mára nagy biztonsággal tudjuk, hogy a transzszexualizmus veleszületett állapot. Még a születés előtt alakul ki, oka valamilyen születés előtti kóros hormonális hatás.

Mélyreható kutatások kimutatták, hogy egy „férfiból-nő” transzszexuális agya nem férfi, hanem női felépítésű. Ez radiológiai vizsgálatokkal és pszichiátriai személyiségtesztekkel (illetve halottaknál boncolással) is kimutatható.

Ha egy fiú magzat agya nem kap férfihormont, akkor női agya fejlődik ki. Hasonlóképpen, ha egy lány magzat agya férfihormon-hatásnak van kitéve, agya férfiaggyá válik. (Ez az elváltozás akkor is létrejöhet, ha a fejlödő agyban lévő, tesztoszteront érzékelő receptorok hibásan működnek, és emiatt rosszul érzékelik, vagy nem érzékelik a férfihormon jelenlétét.) Ezek a jelenségek állatkísérletekkel is kimutathatóak.

Ezeket a hormonális eltéréseket sok minden okozhatja. Közrejátszhatnak benne gyógyszerek, stressz, a környezetszennyezés stb.